5 R을 사용한 비구획분석 시각화

5.1 이 장에서는

비구획분석에 대한 다양한 시각화는 여러 유용한 정보를 제공해 줍니다. 이를 가능하게 해 주는 pkr 패키지(Bae and Lee 2018)에 대해서 자세히 알아보겠습니다.

pkr의 DESCRIPTION 파일을 보면 다음과 같이 설명하고 있습니다.

Conduct a noncompartmental analysis as closely as possible to the most widely used commercial software for pharmacokinetic analysis, i.e. ‘Phoenix(R) WinNonlin(R)’ https://www.certara.com/software/pkpd-modeling-and-simulation/phoenix-winnonlin/. Some features are 1) CDISC SDTM terms 2) Automatic slope selection with the same criterion of WinNonlin(R) 3) Supporting both ‘linear-up linear-down’ and ‘linear-up log-down’ method 4) Interval(partial) AUCs with ‘linear’ or ‘log’ interpolation method * Reference: Gabrielsson J, Weiner D. Pharmacokinetic and Pharmacodynamic Data Analysis - Concepts and Applications. 5th ed. 2016. (ISBN:9198299107).

library(tidyverse)
library(pkr)

5.2 pkr 사용법

pkr 함수의 가장 핵심적인 기능은 plotPK() 함수에 있고 이 함수의 인자는 다음과 같습니다.

args(pkr::plotPK)

## function (concData, id, Time, conc, unitTime = "hr", unitConc = "ng/mL", 
##     trt = "", fit = "Linear", dose = 0, adm = "Extravascular", 
##     dur = 0, outdir = "Output") 
## NULL

Theoph 자료를 갖고 그림을 그리는 명령어를 실행해 보겠습니다.

pkr::plotPK(concData = Theoph, id="Subject", Time = "Time", 
            conc = "conc", unitTime="hr", unitConc="mg/L", 
            dose=320, outdir = "Output-pkr")

## pdf 
##   2

조금 기다린 후 Output 폴더를 확인해 보면 세개의 그림 파일이 생성된 것을 알 수 있습니다.

Figure 5.1: 평균 약동학 파라메터와 그룹 농도-시간 그림 (선형)

Figure 5.2: 평균 약동학 파라메터와 그룹 농도-시간 그림 (로그)

Figure 5.3: 평균 약동학 파라메터와 그룹 평균 농도-시간 그림 (로그)

또한 개개인 별로 여러개의 그림이 담긴 두개의 PDF 파일이 생성되었습니다.

## Error in knitr::include_graphics("Output-pkr/Individual PK Linear Scale for Theoph.png"): Cannot find the file(s): "Output-pkr/Individual PK Linear Scale for Theoph.png"

## Error in knitr::include_graphics("Output-pkr/Individual PK Log 10 Scale for Theoph.png"): Cannot find the file(s): "Output-pkr/Individual PK Log 10 Scale for Theoph.png"

참고문헌

Bae, Kyun-Seop, and Jee Eun Lee. 2018. Pkr: Pharmacokinetics in R. https://CRAN.R-project.org/package=pkr.