4 R을 사용한 비구획분석 보고서
4.1 이 장에서는
보고서를 일정한 형식으로 작성하여 다른 사람/기관과 공유하는 것은 중요합니다. 이를 ncar 패키지를 사용하여 좀더 쉽게 할 수 있습니다.
이 패키지를 통해서 약동학 파라이터를 보고서 형식의 text, pdf, rtf 파일로 저장할 수 있습니다.
이에 대해 좀더 자세히 알아보겠습니다.
ncar의 DESCRIPTION 파일을 보면 다음과 같이 설명하고 있습니다.
Conduct a noncompartmental analysis with industrial strength. Some features are 1) CDISC SDTM terms 2) Automatic or manual slope selection 3) Supporting both ‘linear-up linear-down’ and ‘linear-up log-down’ method 4) Interval(partial) AUCs with ‘linear’ or ‘log’ interpolation method 5) Produce pdf, rtf, text report files. * Reference: Gabrielsson J, Weiner D. Pharmacokinetic and Pharmacodynamic Data Analysis - Concepts and Applications. 5th ed. 2016. (ISBN:9198299107).
4.2 txtNCA()
우선 저장될 폴더를 확인하면 다음과 같습니다.
## [1] "C:/Users/cmc/pipetbooks/book-ncar"저장될 폴더를 변경하고자 한다면 setwd(“저장될 경로”) 이렇게 설정하면 됩니다.
txtNCA() 함수를 사용하여 한 대상자에 대한 plain text 보고서를 작성할 수 있습니다.
txtNCA(Theoph[Theoph$Subject=="1","Time"],
Theoph[Theoph$Subject=="1","conc"],
dose=320, doseUnit="mg", concUnit="mg/L", timeUnit="h")또한, Theoph 자료의 약동학 파라미터 분석 결과는 아래와 같이 텍스트파일로 저장할 수 있습니다.
writeLines(txtNCA(Theoph[Theoph$Subject=="1","Time"],
Theoph[Theoph$Subject=="1","conc"],
dose=320, doseUnit="mg", concUnit="mg/L",
timeUnit="h"),
'Output-ncar/txtNCA-Theoph.txt')저장된 파일 내용은 아래와 같습니다.
NONCOMPARTMENTAL ANALYSIS REPORT
Package version 0.4.2 (2019-09-27 KST)
R version 4.0.1 (2020-06-06)
Date and Time: 2020-07-01 14:07:17 Asia/Seoul
Calculation Setting
-------------------
Drug Administration: Extravascular
Observation count excluding trailing zero: 11
Dose at time 0: 320 mg
AUC Calculation Method: Linear-up Linear-down
Weighting for lambda z: Uniform (Ordinary Least Square, OLS)
Lambda z selection criterion: Heighest adjusted R-squared value with precision=1e-4
Fitting, AUC, AUMC Result
-------------------------
Time Conc. Pred. Residual AUC AUMC
---------------------------------------------------------------------
0.0000 0.7400 0.0000 0.0000
0.2500 2.8400 0.4475 0.0888
0.5700 6.5700 1.9531 0.8015
1.1200 10.5000 6.6474 5.0654
2.0200 9.6600 15.7194 19.1383
3.8200 8.5800 32.1354 66.1982
5.1000 8.3600 42.9769 114.4617
7.0300 7.4700 58.2529 206.2815
9.0500 * 6.8900 6.8912 -1.228e-03 72.7565 322.2988
12.1200 * 5.9400 5.9387 +1.324e-03 92.4505 528.5219
24.3700 * 3.2800 3.2801 -1.465e-04 148.9231 1459.0711
*: Used for the calculation of Lambda z.
Calculated Values
-----------------
CMAX Max Conc 10.5000 mg/L
CMAXD Max Conc Norm by Dose 0.0328 mg/L/mg
TMAX Time of CMAX 1.1200 h
TLAG Time Until First Nonzero Conc 0.0000 h
CLST Last Nonzero Conc 3.2800 mg/L
CLSTP Last Nonzero Conc Pred 3.2801 mg/L
TLST Time of Last Nonzero Conc 24.3700 h
LAMZHL Half-Life Lambda z 14.3044 h
LAMZ Lambda z 0.0485 /h
LAMZLL Lambda z Lower Limit 9.0500 h
LAMZUL Lambda z Upper Limit 24.3700 h
LAMZNPT Number of Points for Lambda z 3
CORRXY Correlation Between TimeX and Log ConcY -1.0000
R2 R Squared 1.0000
R2ADJ R Squared Adjusted 1.0000
AUCLST AUC to Last Nonzero Conc 148.9231 h*mg/L
AUCALL AUC All 148.9231 h*mg/L
AUCIFO AUC Infinity Obs 216.6119 h*mg/L
AUCIFOD AUC Infinity Obs Norm by Dose 0.6769 h*mg/L/mg
AUCIFP AUC Infinity Pred 216.6150 h*mg/L
AUCIFPD AUC Infinity Pred Norm by Dose 0.6769 h*mg/L/mg
AUCPEO AUC %Extrapolation Obs 31.2489 %
AUCPEP AUC %Extrapolation Pred 31.2499 %
AUMCLST AUMC to Last Nonzero Conc 1459.0711 h2*mg/L
AUMCIFO AUMC Infinity Obs 4505.5348 h2*mg/L
AUMCIFP AUMC Infinity Pred 4505.6709 h2*mg/L
AUMCPEO AUMC %Extrapolation Obs 67.6160 %
AUMCPEP AUMC % Extrapolation Pred 67.6170 %
VZFO Vz Obs by F 30.4867 L
VZFP Vz Pred by F 30.4863 L
CLFO Total CL Obs by F 1.4773 L/h
CLFP Total CL Pred by F 1.4773 L/h
MRTEVLST MRT Extravasc to Last Nonzero Conc 9.7975 h
MRTEVIFO MRT Extravasc Infinity Obs 20.8000 h
MRTEVIFP MRT Extravasc Infinity Pred 20.8004 h한편 txtNCA2()를 다음과 같이 정의하면 여러 대상자에 대한 보고서를 작성 가능합니다.
txtNCA2 <- function(dataset){
dataset %>%
as_tibble() %>%
group_by(Subject) %>%
summarise(res = c(ID = glue::glue('ID={unique(Subject)}\n\n'),
txtNCA(Time,
conc,
dose=320,
doseUnit="mg",
concUnit="mg/L",
timeUnit="h")) %>% paste(collapse = '\n')) %>%
.$res %>%
paste(collapse = '\n\n\n\n\n\n')
}저장된 파일 내용은 Appendix C.1 에서 확인 가능합니다.
4.3 pdfNCA()
pdfNCA()로 pdf로 결과를 볼 수 있습니다. (Figure 4.1)
ncar::pdfNCA(fileName="Output-ncar/pdfNCA-Theoph.pdf", Theoph, key="Subject",
colTime="Time", colConc="conc", dose=320, doseUnit="mg",
timeUnit="h", concUnit="mg/L")## pdf
## 2magick -density 150 Output-ncar/pdfNCA-Theoph.pdf Output-ncar/pdfNCA-Theoph-%02d.png
magick montage Output-ncar/pdfNCA-Theoph-01.png Output-ncar/pdfNCA-Theoph-02.png Output-ncar/montage.png## /bin/bash: magick: command not found
## /bin/bash: line 1: magick: command not found
Figure 4.1: pdfNCA() output